近年来，北碚区以保障和改善民生为出发点，以“强化政府主导性、坚持改革公益性、促进发展均衡性”为着力点，大胆突破、锐意创新，全力推进基层医疗卫生机构综合改革，取得较好效果。
一、突破传统管理模式，切实发挥政府主导作用
一是突破传统行政级别设置。将所有镇卫生院和社区卫生服务中心全部确定为正科级单位，将区疾控中心、卫生监督所和妇幼保健院3家公共卫生单位升格为副处级单位。二是突破传统资金运行模式。成立基层医疗卫生机构会计核算管理中心，在坚持“资金所有权、使用权、财务自主权”不变基础上，实行“统一设置账簿、统一集中核算、统一编制会计报表、统一管理会计档案、统一指导内部财务管理”的集中财务管理模式，降低基层财务运行成本，实现行业收支有效监控。三是突破传统选人用人机制。政府举办的基层医疗卫生机构主要负责人全部实行公开竞聘上岗，对定向择优招聘的142名卫生专业技术人员一次性纳入事业单位编制，并建立了定向择优招聘人员每周到卫生室或社区卫生服务站义务工作2天制度，有效充实了基层医疗卫生人才队伍。
二、构建全新运行机制，逐步回归公益性
一是加大财政投入力度。2011年，累计投入资金6577万元用于标准化建设、卫生人才培养、基本药物补助、公共卫生补助等各项医改工作任务，较医改前增长59%，进一步强化了医疗卫生事业的公益性本质。二是推进绩效工资改革。建立以服务质量、服务数量和群众满意度为核心指标的考核制度，并将考核结果与财政补助、工作人员绩效工资直接挂钩。每季度对绩效工资制度实施情况进行调研分析，2011年11月，将调节基金征收线标准提高20%，进一步调动了医务人员工作积极性和主动性。三是实施基本药物制度。政府举办的基层医疗卫生机构和村卫生室全面实施基本药物制度，统一采购、统一配送、统一实行“零差率”销售，逐步改变“以药养医”现象和有效缓解群众“看病贵”。
三、统筹城乡均衡发展，全民共享基本卫生服务
一是推动城乡卫生资源均等化。全面完成基层医疗卫生机构标准化建设任务，率先实现“一社区一中心、一镇一院、一村一室”基层医疗卫生服务网络全覆盖；全区每千人拥有住院床位数5.22张、执业（助理）医师3人、执业护士2.41人。二是推行镇村卫生服务一体化。各镇卫生院、社区卫生服务中心对所辖村卫生室的人员、业务、药械、财务和绩效考核等实行规范化管理，其中村卫生室从业人员实行一年一聘，纳入非在编聘用人员管理。三是推进公共卫生服务均衡化。每个镇街均建立了1个公共卫生服务中心、每个行政村均设立1个公共卫生服务站并落实1名公共卫生协管员。投入1828万元，为全区68万多居民免费提供21项公共卫生服务。
随着各项改革措施的深入实施，全区基层医疗卫生机构综合改革成效逐步显现。一是医务人员的积极性明显增强。与医改之前相比，2011年全区门诊人次增长了17.41%，住院人次增长了18.54%，涌现出了一批优秀医务人员，如“背上行走”的乡村医生周月华同志被评为全国十大“我最喜爱的健康卫士”。二是群众看病就医负担明显下降。2011年基层医疗卫生机构次均门诊费用、次均门诊药品费用、次均住院费用、次均住院药品费用与医改前相比分别下降9.58%、34.34%、27.75%、27.52%，患者满意度达96.56%。三是城乡居民健康水平明显提高。2011年全区孕产妇死亡率为23.34／10万，婴幼儿死亡率为4.43‰，与医改前比分别下降了4.58%、10.15%。